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Pedro González

¿Qué es el microbioma?

By | Divulgación

El microbioma: la comunidad de microorganismos que viaja siempre contigo

 

El microbioma  humano es el conjunto de microorganismos,  que conviven en el cuerpo humano. Formado por eucariotas, arqueas, bacterias y virus acumula una cantidad de 100 billones de microorganismos que representan alrededor del 2 al 3% del peso total del cuerpo humano. También ha sido llamado «el órgano perdido» y «el genoma extendido»1 ya que cumple funciones vitales como ser la  regulación de la expresión de genes,  la prevención de enfermedades, la absorción de ciertos nutrientes no sintetizables por el cuerpo humano  y  la regulación del sistema inmune.

La coevolución con el microbioma ha desarrollado complejos ecosistemas adaptados para regular implacablemente la fisiología del cuerpo humano2.

 

Muchos son los estudios que investigan el impacto del microbioma en la salud y que han demostrado que la disbiosis, cambios en el equilibrio del microbioma, está fuertemente asociada a numerosas enfermedades, incluyendo enfermedad inflamatoria intestinal, esclerosis múltiple, diabetes (tipos 1 y 2), alergias, asma, autismo y cáncer, entre otras. El estudio de microbiomas de poblaciones sanas, es un primer paso esencial para identificar y corregir configuraciones microbianas implicadas en  enfermedades2. Esto permite establecer niveles de referencia para el estudio del efecto y monitorización de intervenciones y tratamientos.

El microbioma humano es el conjunto de microorganismos que conviven en el cuerpo humano.

Imagen: Ilustración del microbioma humano.

Se denomina metagenoma al conjunto de genomas presentes en un microbioma, y la metagenómica es la disciplina que lo estudia. Se basa  en secuenciar el ADN microbiano que hay en una muestra, sin necesidad de aislar y cultivar cada una de las especies que la componen, para determinar la biodiversidad existente en la comunidad microbiana presente en dicha muestra y las interacciones entre los diferentes organismos que la componen. Para ello, se puede o bien secuenciar el genoma completo de forma conjunta o secuenciar de forma más dirigida, por ejemplo al gen de bacterias 16S.

 

El principal gran avance que ha permitido la metagenómica es explorar el microbioma sin depender del cultivo de sus microorganismos, por lo tanto accediendo a la diversidad microbiana no cultivable, que hasta el momento no habían podido ser analizadas. Por esta razón, ahora se pueden saber sus características, funciones y relaciones con otros seres vivos3. Durante la última década se ha producido un boom en el uso de la metagenómica, demostrando que existe una compleja  variabilidad y diversidad entre microbiomas de individuos sanos. El estudio de esta diversidad se remonta, al menos, a los años 1960, continuando a través del Proyecto de Microbioma Humano y más allá, desde el uso del cultivo clásico a las actuales tecnologías de secuenciación masiva que permiten la exploración directa mediante el análisis del DNA.

En la actualidad se está produciendo una revolución en nuestra comprensión del microbioma. Hace una década, se sabía muy poco del inventario de microorganismos que habitan diferentes partes del cuerpo humano, cómo se ensamblan en comunidades de diversos niveles de complejidad, y cómo se relacionan con microbiomas en otras especies.

 

El Proyecto Microbioma Humano (PMH) constituye el mayor hito en la historia del estudio del microbioma. Surgió como una iniciativa del Instituto Nacional de Salud (NIH), Estados Unidos, con el objetivo de la identificación y caracterización de los microorganismos que se encuentran asociados a humanos, tanto en la salud como en la enfermedad. El fin último de éste era probar cómo los cambios en el microbioma humano están asociados con la salud o enfermedad humana4. Este proyecto estableció las pautas básicas de análisis a la hora de abordar el análisis del microbioma humano.

La caracterización de los diversos ambientes microbianos ha permitido establecer un catálogo de especies biomarcadoras vinculados a características de cada individuo. De este modo es posible identificar características que distingan ampliamente los microbiomas saludables de los no saludables, contribuyendo el diagnóstico de enfermedades relacionadas con este y podría potencialmente proporcionar nuevos medios para prevenir la aparición de enfermedades o mejorar el pronóstico. Durante el PMH se analizaron un total de 4.788 muestras procedentes de 242 donantes asintomáticos, y los investigadores pudieron concluir que hay una independencia microbiana entre las diferentes partes del cuerpo humano, pero que, a su vez, existen comunidades conservadas y especificas del hospedador.

Microbioma humano y subtipos según la zona corporal. Morgan et al. 2013 (doi-10.1016j.tig_.2012.09.005).

Cabe mencionar que no solo los seres humanos coexisten con su microbioma sino que también lo hacen los animales y las plantas. También los suelos, los océanos e incluso los edificios tienen un microbioma asociado. En este sentido el estudio de las comunidades  microbianas del suelo, especialmente de aquellas que interactúan con las plantas, nos puede acercar a mejoras agronómicas en nuestros campos en condiciones de interacción con los factores ambientales5.

Las preguntas que nos formulamos alrededor del impacto del microbioma tanto en salud humana como en aspectos agroalimentarios y ecológicos se pueden responder gracias al uso actual de metagenómica y bioinformática. La era de las tecnologías -ómicas nos permitirá romper muchas barreras de desconocimiento hasta el momento.

 

 

 

  1. Coronel, Roberto I. Ramírez García / José Manuel Segovia. «El microbioma humano – Revista ¿Cómo ves? – Dirección General de Divulgación de la Ciencia de la UNAM». www.comoves.unam.mx.

 

  1. Lloyd-Price J, Abu-Ali G, Huttenhower C. The healthy human microbiome. Genome Med. 2016 Apr 27;8(1):51. doi: 10.1186/s13073-016-0307-y. PMID: 27122046; PMCID: PMC4848870.

 

  1. Davenport ER, Sanders JG, Song SJ, Amato KR, Clark AG, Knight R. The human microbiome in evolution. BMC Biol. 2017 Dec 27;15(1):127. doi: 10.1186/s12915-017-0454-7. PMID: 29282061; PMCID: PMC5744394.

 

  1. Data Analysis and Coordination Center (DACC) for the Human Microbiome Project (HMP). hmpdacc.org/hmp

 

  1. ERICE, P. BONINI, V. CIRINO, G. COLLA Y M. RUZZI. Influencia del microbioma del suelo en el rendimiento del cultivo de pimiento. Phytoma. 2019 May

¡Microomics sigue creciendo con dos nuevas incorporaciones!

By | Sobre Microomics

Microomics da la bienvenida a Paula Carreras y Sergio Manresa, quienes ocupan los puestos de Manager del Departamento de Marketing digital y Ventas y Analista NGS, respectivamente.

Paula es biotecnóloga y se ha especializado en Marketing farmacéutico y biotecnológico. Dispone de un perfil multidisciplinar obtenido a lo largo de su trayectoria. En su etapa inicial se incorporó a un grupo de investigación y posteriormente trabajó en la industria farmacéutica, destacando su participación en departamentos de Relaciones con Pacientes y Marketing. Paula ha formado parte de proyectos competitivos en el ámbito de la salud tanto a nivel nacional e internacional.

Sergio es biotecnólogo y especialista en secuenciación NGS, a lo largo de su formación en biomedicina se especializó en la aplicación de técnicas secuenciación masiva para estudiar el microbioma intestinal humano. Durante su trayectoria profesional previa, tanto en el sector público como privado, ha tenido una dedicación interdisciplinar tanto en el laboratorio experimental como en el área de bioinformática.

Ambas incorporaciones en Microomics representan el crecimiento de la empresa para ofrecer un mejor servicio. Por una parte, suponen un impulso en nuestra comunicación con clientes y colaboradores a través de nuevos canales digitales consiguiendo así un trato personalizado. Además, el área de bioinformática y el laboratorio experimental se ven reforzados identificando qué solución NGS se adapta mejor a las necesidades de cada proyecto.

Para el equipo de Microomics el área de I+D+i es fundamental y la incorporación de Paula y Sergio también ayudarán a estar en la vanguardia de las nuevas tecnologías de secuenciación NGS.

Desde que nació la empresa en septiembre 2017, el crecimiento de Microomics ha sido sostenido y esperamos que estas incorporaciones nos ayuden a lograr nuestro principal objetivo: consolidarnos como un referente en el estudio del microbioma a nivel nacional.

¡Bienvenidos al equipo de Microomics, Paula y Sergio!

El equipo de Microomics crece

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Nueva incorporación en el Departamento de Bioinformática y creación del Departamento de Marketing y Ventas

Este Enero 2021, se incorporaron al equipo de Microomics dos nuevos miembros: José Castellón, como Analista de datos y Especialista en Estadística; y Rubén Melgarejo, como Manager del Departamento de Marketing y Ventas.

Desde que nació la empresa en Septiembre 2017, el crecimiento de Microomics ha sido sostenido y esperamos que estos refuerzos nos ayuden a no perder impulso en lograr nuestro objetivo: ser una referencia en análisis metagenómicos a nivel nacional.

Atentamente,

El Equipo de Microomics Systems S.L.

¡Microomics cumple un año!

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Estamos muy contentos por poder compartir con vosotros nuestro primer aniversario. Y es que en octubre de 2017, Microomics se registró como una empresa spin-off del CRG e ICREA. Aquél fue un hito importante para nosotros, que llevábamos más de un año incubando el proyecto y desarrollando el plan de negocio. Microomics nacía con la misión de ofrecer soluciones innovadoras y avanzadas para el análisis de comunidades microbianas y sus roles. Desde ese día, hemos ampliado nuestra cartera de servicios y clientes y actualmente operamos en varios sectores como la biomedicina, la agricultura, o la industria de trans. En cada proyecto nos esforzamos por ser el mejor socio, contribuyendo a todas las fases del proyecto, desde el diseño hasta las interpretaciones de los resultados, pasando por el procesamiento de muestras, la secuenciación y los análisis computacionales y estadísticos. Estamos enfrentando nuestro segundo año con el mayor entusiasmo, ya que nuestra perspectiva es expandirnos más y participar en nuevos proyectos interesantes.

 

Para celebrar esta fecha tan importante, nos gustaría ofrecerle un descuento del 10% para todos los proyectos nuevos servicios en Metagenómica Bacteriana 16S o Metagenómica Fúngica ITS, que sean contratados antes de finales de 2018. Para acogerse a esta oferta ha de Indicar el siguiente código de promoción al realizar su pedido: MICRO001X.

Atentamente,

 

Pedro González-Torres (CEO, COO)

 

Toni Gabaldón (CSO)

Microomics participa en el LV Symposium Científico de avicultura en Madrid (WPSA)

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Microomics asistió, por medio de Pedro González-Torres (CEO, CSO) al congreso LV Symposium Científico de avicultura en Madrid.(3-4 Octubre 2018) Allí presentamos la ponencia “Técnicas Metagenómicas y su implementación para la identificación de marcadores de interés biotecnológico en avicultura.” y aprovechamos para conversar con varios de nuestros clientes. La producción animal es uno de los sectores que ya se está beneficiando de los últimos avances en metagenómica.

 

Microomics recibe el premio Impulso del Parque Científico de Alicante

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Con el objeto de visibilizar la innovación, la transferencia y el emprendimiento, la Universidad de Alicante y la Fundación Parque Científico de Alicante de la Comunitat Valenciana (FPCA) otorga cada año los Premios Impulso. En esta edición de 2018, la iniciativa empresarial Microomics ha sido galardonado con el premio en la modalidad B dirigida a ideas promovidas por estudiantes  tituladas y titulados por esta universidad.

Este premio es el segundo reconocimiento que obtiene Microomics, después del Science2Bussiness challenge, y el primero que recibimos como empresa constituida. Gracias Parque Científico de Alicante y Universidad de Alicante por este reconocimiento.

Incorporación de Microomics September 20, 2017

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Microomics S.L. se incorporó el 14 de septiembre de 2017 como empresa spin-off biotecnológica del CRG (Centro de Regulación Genómica) y la participación de ICREA (Institución Catalana de Investigación y Estudios Avanzados).  Microomics está especializada en análisis microbianos, constituyendo  la  primera empresa en el territorio nacional dedicada en exclusiva a soluciones metagenómica. Microomics crecerá dentro del entorno excitante del Parque de Investigación Biomédica de Barcelona (PRBB). Entre los fuertes de la empresa destaca alta especialización técnica y experiencia en investigación de primer nivel, combinadas con atractivas alianzas y colaboraciones académicas.

Al acto de incorporación asistieron representantes de las instituciones fundadoras, Luis Serrano (CRG) y Emilià Pola (ICREA) y los dos científicos Co-fundadores: Juan Antonio Gabaldón Estevan , Director Científico)(CSO) y Pedro Iñaki González Torres, Director Operativo (COO) y Ejecutivo (CEO).

Pedro Iñaki González agradeció el apoyo de las instituciones participantes en este apasionante proyecto augurando que lo mejor está por venir.

Pedro Gonzalez, CEO de Microomics, en la FEMS 2017

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Durante los días 9 al 13 de junio tuvo lugar en Valencia (España) el 7º Congreso Europeo de Microbiólogos,, promovido por la Federación de la Sociedades Microbiológicas Europeas (FEMS) y la Sociedad Española de Microbiología (SEM). Fundada en 1974, la FEMS es ahora una Federación activa y diversa que alberga 53 sociedades europeas y comprendiendo a unos 30.000 profesionales que apuestan por el avance en la microbiología para el beneficio de la sociedad. Repartidos a lo largo de 36 países europeos, alrededor de la mitad de estos profesionales son investigadores que se encuentran en una etapa temprana de su carrera científica, y el resto incluyen científicos dedicados a la industria, académicos establecidos, educadores y activistas.

La Sociedad Española de Microbiología (SEM) también organizó la reunión que puso en escena un excelente programa científico conjunto que abarca muchas disciplinas y temas candentes de investigación en Microbiología: antimicrobianos resistencia e infecciones, microbiología de alimentos, sostenibilidad, cambio climático así como otros se cubrieron los temas fundamentales de Microbiología. Con más de 5.000 presentaciones científicas Pedro González, CEO de Microomics y miembro de la SEM, asistió a este estratégico encuentro y aprovechó la oportunidad para presentar algunas de sus propias investigaciones científicas así como fortalecer la red de colaboradores de Microomics.

Microomics en el B-Debate 2017

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The Barcelona Debates on the Human Microbiome 2017. From Microbes to Medicines

Los Debates sobre el Microbioma Humano que tuvieron lugar en Barcelona– desde Microbios a  Medicamentos, organizados por BDebate, constituyen una iniciativa de Biocat y Fundación «la Caixa», organizada conjuntamente con el centro de investigación del SIDA  IrsiCaixa. En esta ocasión  reunieron a reconocidos expertos internacionales de diferentes disciplinas investigando el microbioma. La reunión fue una oportunidad  única para conocer de primera mano los últimos hallazgos de investigación de estudios de microbioma aplicados en áreas tales como envejecimiento saludable, enfermedades neurodegenerativas, cáncer, enfermedades infecciosas y enfermedades digestivas. El microbioma humano es esencial para la salud humana y el funcionamiento del cuerpo. Como estamos empezando a aclarar el enorme potencial científico y terapéutico de la microbioma humano en casi todos los campos médicos.

Los debates se centraron también en la importancia emergente de la interacción entre las comunidades de hongos y bacterias y su impacto en la salud. Destacó la participación de líderes científicos de este debate fueron Bonaventura Clotet del centro de investigación de SIDA IrsiCaixa y Roger Paredes  de SIDA IrsiCaixa.

Entre  los científicos asistentes a este importante evento se encontraron los fundadores de Microomics, Toni Gabaldón y Pedro González. Toni Gabaldón científico responsable del proyecto «Saca La Lengua» en el CRG, presentó el proyecto, uno de los mayores proyectos de ciencia ciudadana alrededor del microbioma. Dr. Gabaldón expuso que más de 3.000 ciudadanos han participado hasta ahora en este proyecto que ha servido no sólo para proporcionar una instantánea precisa de microbioma oral sino también a difundir el conocimiento sobre genómica y microbios a través de la participación de los ciudadanos en un proyecto científico real.

Microomics, ganador del concurso empresarial Science to Bussiness Concept Challenge

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Microomics fue galardonado con el primer premio del concurso empresarial Science to Bussiness (S2B) Concept Challenge otorgado por el CRG.. Este premio, que incluye soporte económico y asesoramiento por expertos contribuyó a la puesta en marcha del proyecto Microomics (por entonces MicrobioMx) contribuyendo al desarrollo de una spin-off competitiva, la actual Microomics.

Los finalistas de la edición Science to Bussiness (S2B) Concept Challenge 2016 fueron evaluados por un comité integrado por dos expertos de la industria, dos inversores, un líder de grupo del CRG y representantes del departamento de Transferencia Tecnológica y Desarrollo (TBDO). El Comité de evaluación premió el proyecto MicrobioMx, valorando la propuesta como un modelo de negocio escalable y la ruta de acceso directo al mercado en forma de spin-off del CRG.

MicrobioMx (ahora Microomics) ofrecerá servicios de analíticos de calidad dentro del mercado creciente de la metagenómica de organismos vivos y sus ambientes, respaldados por la experiencia del Dr. Toni Gabaldón,  fefe de grupo en el CRG y profesor de investigación ICREA y por el Dr. Pedro González, este último aportando su experiencia técnica y empresarial en el campo de los servicios de metagenómica.

La empresa dedicará su primera fase operativa a la consolidación de un Servicio Mínimo Viable Viable (MVS) personalizable dirigido a  clínicas privadas, empresas farmacéuticas y agroalimentarias. El MVS llevará a cabo principalmente en el entorno que proporciona la infraestructura del  CRG, que ya ha participado en varios proyectos de metagenómica a gran escala nacional e internacional, como el proyecto de ciencia ciudadana «Saca la Lengua» destinado al estudio del microbioma oral y su posible relación con el estilo de vida y condiciones ambientales.

“El modelo de negocio que propone el proyecto asume una baja inversión inicial y costes operativos fijos, permitiendo a la compañía alcanzar sostenibilidad y estabilidad en un periodo corto de tiempo y evolucionar en consecuencia ingresos generados a través de sus ventas y participación en alianzas y consorcios (públicos o privados) nacionales y europeos, «, explica Toni Gabaldón.  En paralelo, el spin-off participará de manera activa en colaboraciones y proyectos de I+D junto con institutos de investigación y hospitales, construyendo  su propio portfolio y creando IP propia y valor para sus accionistas.