Si bien es cierto que la salud animal depende de factores como la genética, la nutrición y el entorno, la ciencia moderna ha identificado a un nuevo protagonista en este eje: el microbioma.
El microbioma está formado por las comunidades de microorganismos que viven en el organismo y en su entorno y desempeña funciones esenciales para su hospedador (el animal).
Gracias a tecnologías como la metagenómica, hoy podemos estudiar estas comunidades microbianas con un nivel de detalle sin precedentes, lo cual está transformando la investigación veterinaria y la producción animal (1).
¿Qué es el microbioma animal y por qué redefine la salud?
El microbioma incluye bacterias, arqueas, hongos (micobioma), virus (viroma) y otros microorganismos que conviven con el animal. No se trata de una comunidad pasiva, sino que funciona como una interfaz inmunológica. Aunque todavía no sabemos si existe un microbioma universal o ideal, sí sabemos que se trata de una comunidad compleja y cambiante de microorganismos, donde la diversidad microbiana y la estabilidad funcional son claves para mantener su equilibrio (2).
Estas comunidades microbianas complejas participan en múltiples funciones entre las que destacan:
- La digestión y el aprovechamiento de nutrientes.
- El desarrollo del sistema inmunitario.
- La protección frente a microorganismos patógenos.
- La producción de compuestos beneficiosos para la salud.
La metagenómica como herramienta para estudiar el microbioma
La metagenómica ha transformado nuestra capacidad para estudiar comunidades microbianas complejas, ya que permite analizar directamente el ADN presente en una muestra sin necesidad de cultivar previamente los microorganismos.
Gracias a esta tecnología es posible conocer qué microorganismos están presentes, cómo se relacionan entre sí y qué funciones podrían desempeñar dentro del ecosistema microbiano (3).
Aplicaciones Salud Animal
1. Salud y bienestar animal
El análisis del microbioma permite identificar desequilibrios microbianos (también denominados disbiosis). Estos desequilibrios pueden producir alteraciones más allá del intestino, debido a la relevancia del microbioma en funciones esenciales del organismo y pueden, a la vez, verse influenciados por factores como la alimentación, el entorno, el manejo o el uso de tratamientos.
Por ello, analizar el microbioma ofrece información valiosa para conocer el estado general del animal, detectar posibles desequilibrios y orientar estrategias que contribuyan a mejorar su salud, bienestar y rendimiento (4).
2. Optimización de la nutrición y producción
La metagenómica también tiene relevancia en la producción, pues permite evaluar cómo diferentes piensos impactan la eficiencia alimentaria. Por ejemplo, se ha demostrado en rumiantes, que los géneros como Fibrobacter y Ruminococcus son clave para degradar la celulosa (5).
Comprender este eje microbioma-dieta-nutrición puede ayudar a diseñar dietas que, además de nutrir al animal, optimicen su microbioma para mejorar la productividad.
3. Control de patógenos y resistencias antimicrobianas
Si bien una de las aplicaciones más relevantes es la detección de microorganismos potencialmente patógenos, actualmente el estudio de los genes asociados a resistencias microbianas está cobrando mucha relevancia. Ello se debe a que permite capturar la colección de todos los genes de resistencia a los antibióticos (ARGs) en el intestino
(6). Detectar estos genes, es crucial para la vigilancia sanitaria y para reducir la propagación de resistencias a través de la cadena alimentaria.
Soluciones innovadoras basadas en el microbioma
Cada vez más proyectos de I+D incorporan el análisis del microbioma para estudiar nuevas soluciones en salud animal. La metagenómica permite evaluar tratamientos, validar estrategias nutricionales y comprender mejor la relación entre microorganismos, salud y productividad.
Como aplicación práctica, el trasplante de microbiota fecal ha demostrado ser eficaz para restaurar el equilibrio del microbioma intestinal. En cerdos, se utiliza para prevenir la diarrea por destete, en aves, para transferir resistencia contra la Salmonella y en vacas, para tratar mastitis o trastornos metabólicos (7).
El microbioma animal se ha consolidado como una herramienta clave para la sostenibilidad y la salud. Las tecnologías metagenómicas no solo avanzan en la prevención de enfermedades, sino que permiten una nutrición de precisión, asegurando que los sistemas productivos sean más eficientes y respetuosos con el bienestar animal (10).
Bibliografía
1- Rothschild, D. et al. Environment dominates over host genetics in shaping human gut microbiota. Nature 2018, 555, 210–215.
2- Ding, G. et al. Gut microbiota regulates gut homeostasis, mucosal immunity and influences immune-related diseases. Mol. Cell. Biochem. 2025, 480, 1969–1981.
3- Silva, É.B.R.D.et al. Review of the Rumen Microbiota and the Different Molecular Techniques Used to Identify Microorganisms Found in the Rumen Fluid of Ruminants. Animals 2024, 14, 1448.
4- Ihuț, A. et al. Gut Microbiome Health in Farm Animals and Fish: Implications for Human Health and the Risk of Gastrointestinal Diseases. Microorganisms. 2026 Feb 12;14(2):447.
5- Tardiolo, Get al. Gut microbiota of ruminants and monogastric livestock: An overview. Animals 2025, 15, 758.
6- Kim, D.W. et al. Antibiotic resistome from the One-Health perspective: Understanding and controlling antimicrobial resistance transmission. Exp. Mol. Med. 2021, 53, 301–309.
7- Ma, C. et al. Cow-to-mouse fecal transplantations suggest intestinal microbiome as one cause of mastitis. Microbiome 2018, 6, 200.
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