Un estudio integral de la microbiota de cualquier nicho esta basado en la posibilidad de conocer su composición genómica, o sea, su microbioma.
Las tecnologías de secuenciación actuales permiten conocer el microbioma sin necesidad de realizar aislamientos o cultivos. Al conjunto de herramientas que permiten la secuenciación del microbioma se le denomina metagenómica.
Existen distintos enfoques metagenómicos, entre los que se destacan shotgun metagenomics y barcording metagenomics.
- La metagenómica shotgun se basa en la secuenciación de todo el ADN presente en una muestra ambiental. Trata de capturar todos los genomas del microbioma y es el método gold standard para estudiar los perfiles funcionales del microbioma.
- La metagenómica barcording se basa en la utilización de genes marcadores para el estudiar la diversidad y composición de la microbiota. Los genes marcadores más utilizados son el 16S ARNr para procariotas y 18S ARNr para eurcariotas.
La metatranscriptómica, la metaproteómica y la metabolómica representan complementos para la comprensión del microbioma, ya que permiten captar información sobre la expresión de genes, proteínas y metabolitos en un determinado escenario.