Belen Carbonetto es doctora en biología por la Universidad de Buenos Aires. Tiene más de 10 años en análisis de microbiomas. Sus primeros pasos en la investigación se dieron en Argentina analizando el impacto de la agricultura de altos insumos en el suelo y los microbiomas asociados a las raíces. Esto se llevó a cabo dentro de varios proyectos multidisciplinarios que involucraron tanto a la academia como a empresas de agrobiotecnología. También formó parte del equipo pionero que estableció el primer laboratorio de secuenciación de alto rendimiento y desarrolló el primer estudio piloto sobre el microbioma intestinal humano local en su país.
Posteriormente fue becaria postdoctoral en el INRA-Supagro en Francia donde trabajó en la caracterización de la diversidad de levaduras en ecosistemas alimentarios. Antes de formar parte de Microomics fue responsable de soporte y formación a usuarios dentro de la Unidad de Bioinformática del Instituto Gulbenkian de Ciência en Portugal donde participó en más de 16 proyectos de investigación que estudian el microbioma de modelos experimentales como ratón y pez cebra.